He pasado el vídeo original a 25 fps con el mkvmergeGUI para no encodearlo con el MeGui (mi ordenador es desesperantemente lento) y resulta un vídeo de unos segundos menos. Por otra parte, lo he cortado en dos fragmentos de 10 segundos, uno del principio y otro del final, y al cargarlo en el MeGui sí que salen los 25 fps.
Supongo que no será posible, pero da la impresión de que tiene alguna/s parte/s con fps distintos a 25. Ni idea.
En fin, gracias a tebasuna51 y a todos los que se han molestado en leerme.