Hola y bienvenido
¿Si ese video que convertiste y se ve mal en la PC, si lo reproducis en la TV se ve bien?
Podes probar desahabilitar el DXVA (aceleracion por hardware) en el reproductor que uses para probar si tiene los mismos defectos, al deshabilitar esa opción la placa de video "no ayuda" al procesador y este hace todo el trabajo, si de esta forma el video se ve perfectamente es problema del driver o alguna característica poco soportada por DXVA, yo recomendaría actualizar el driver.
Decime también que reproductor usas en la PC

Saludos