pero si hay cambios durante el vídeo, cómo hago eso?
cargas el audio con el decoder correspondiente (segun sea el formato de audio de entrada) a behappy, en tu caso ya que trata de un mp3 puedes usar como carga Nicmpg123Souce, bassaudio source o directshowsource (dejalo como ultima opcion) y configuras las opciones siguientes, solo que en tu caso usarás slowdown

eliges como salida Nero Digital AAC -> configure -> constant bitrate y el bitrate que te sea necesario, AAC profile LC-AAC y envias a la cola de trabajo y por ultimo codificas